上师说磕大头最好每天108个，我把早课“莲师心咒、传承上师祈祷文、法王祈祷文与上师祈祷文”换成了磕大头，这样如法吗？不如法，应怎样才如法？

念咒、念祈祷文，这和磕大头是两码事。你可以边念咒、念祈祷文，边磕头。你不念咒了、不念这些祈祷文了，然后光磕头，这就不行了，这样你早课就不完整了。若是能做到边念边磕，彼此不影响了，也可以。若是做不到，你就得单独抽出时间来磕大头。